Seguindo directivas emanadas pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, as actividades de investigação do CHAM encontram-se subdivididas em sete grandes áreas temáticas, cada uma delas sob a responsabilidade de um investigador doutorado. Dentro destas linhas integram-se as diversas acções desenvolvidas pelo CHAM e as acções individuais dos investigadores.

Linhas de Investigação 2007-2010

Configurações Políticas e Sociais do Império Português
Investigador responsável: Avelino Freitas de Meneses

As Artes e Experiência Colonial Portuguesa
Investigador responsável: Nuno Senos

Intercâmbios Culturais e Globalização
Investigador responsável: Nelson Veríssimo

As Elites e o Império Português
Investigador responsável: José Damião Rodrigues

Os Portugueses e o Islão
Investigador responsável: Rui Loureiro

Dimensões Religiosas da Expansão Portuguesa
Investigador responsável: João Paulo Oliveira e Costa

Economias Ultramarinas e Redes Comerciais
Investigador responsável: Margarida Machado

Grupo de Trabalho de Arqueologia