O objectivo inicial do projecto “Jesuítas Portugueses no Extremo Oriente nos séculos XVI-XVII” consistia na transcrição paleográfica e edição crítica da epistolografia de oito jesuítas que, no último terço do século do século XVI e a primeira metade do século XVII, missionaram no Extremo Oriente. O trabalho de levantamento e transcrição documental foi elaborado pela bolseira do projecto, a Dr.ª Madalena Ribeiro, sendo a edição crítica das epístolas da responsabilidade dos membros da equipa do projecto. A correspondência em questão referia-se aos seguintes jesuítas:

- Francisco Cabral (1533-1609) – Superior do Japão entre 1570 e 1580, Provincial da Índia entre 1592 e 1597 (33 cartas).
- Diogo Mesquita (1551-1614) – Superior do Colégio de Nagasaki, introdutor das plantas ocidentais no Japão, grande defensor da admissão do clero nativo (25 cartas).
- Lourenço Mexia (1539-1599) – Companheiro de Valignano (32 cartas).
- D. Luís Cerqueira (1552-1614) – Bispo do Japão entre 1598 e 1614 (136 cartas).
- Luís Fróis (1532-1597) – Um dos pioneiros do modelo de acomodação cultural, autor de A História do Japão.
- Duarte de Sande (1547-1599) – Superior da China e um dos pioneiros desta missão (22 cartas).
- Manuel Dias Sénior (1559-1639) – Pioneiro da missão da China, Reitor do Colégio de Macau (47 cartas).
- Manuel Dias Júnior (1574-1659)

O júri que avaliou e classificou a proposta original propôs para a execução deste projecto a atribuição de 38% da verba solicitada, o que se reflectiu inevitavelmente na concretização do projecto. Assim, foi opção da equipa de investigação proceder à transcrição das cartas do bispo D. Luís Cerqueira, que corresponde ao maior núcleo dentro dos oito missionários escolhidos originalmente.

Foram transcritas 115 cartas, num total de 523 páginas originais, que se encontram no Arquivo Romano da Companhia de Jesus, Arquivo Secreto do Vaticano, Biblioteca Pública de Évora, Real Academia de la História (Madrid), British Library, Biblioteca da Ajuda e Biblioteca Real de Bruxelas. Os textos foram transcritos a partir de microfilmes ou de digitalizações obtidos junto dos respectivos arquivos, ou já existentes na Filmoteca Ultramarina.