A pesquisa, inventário, estudo e divulgação da documentação histórica referente à área do projecto constituiu uma das suas premissas essenciais. Trabalhou-se, por isso, uma grande quantidade de fontes escritas (manuscritas e impressas), iconográficas e cartográficas, sobretudo através de pesquisa em arquivos portugueses, mas também em acervos estrangeiros. A investigação histórica levou ao desenvolvimento das seguintes três linhas de acção:

Base de dados de documentação escrita
Conhecimento de fontes portuguesas e estrangeiras acerca da presença portuguesa na região sul de Marrocos, entre os séculos XV e XVIII.

Inventário cartográfico e iconográfico
Referências dos espécimes existentes em arquivo sobre as antigas cidades portuguesas norte-africanas de Azamor (Azemmour), Mazagão (El-Jadida), Safim (Safi) e Santa Cruz do Cabo de Gué (Agadir).

Edição de fontes históricas inéditas
Publicação de fontes históricas inéditas existentes no fundo Núcleo Antigo dos Arquivos Nacionais / Torre do Tombo.

Edição digital Les Sources Inédites de L'Histoire du Maroc
Disponibilização do mais importante conjunto de documentação histórica publicado sobre a presença portuguesa e de outras nações europeias no Norte de África, entre os séculos XV e XVIII, trabalho realizado em colaboração com o Instituto de Investigação Científica e Tropical.