Os investigadores do CHAM estão organizados em nove grupos de investigação, os quais colaboram entre si no âmbito de sete linhas temáticas:

 

 

 
A Europa do Renascimento - Os Velhos e os Novos Mundos
Ana Paula Avelar Coordenadora
Ásia: Povos, Poderes, Intercâmbios
Paulo Jorge de Sousa Pinto Coordenador
Estudos Africanos
Ana Maria Martinho Gale Coordenador
História Ambiental e o Mar
Nina Vieira Coordenadora
História das Mulheres e do Género
Maria Barreto Dávila Coordenadora
Património e Memória
Carla Alferes Pinto Coordenadora
Teoria e Metodologia
Pablo Sánchez León Coordenador